El asentamiento se localiza en área donde conviven un paisaje plano con drenaje subterráneo y un lomerío con cerros, pequeñas cañadas y aguadas. Se conforma por unidades habitacionales y complejos arquitectónicos cívicos y ceremoniales, rodeados de tierras fértiles para el cultivo, ubicadas en una extensión de 14 km2.

La primera ocupación de Kohunlich se ubica en el Preclásico tardío (300 a.C. -250 d.C.), etapa en el fueron construidas  plataformas de baja altura alrededor de la Plaza Ya’axná, edificaciones que en el Clásico Temprano  fueron cubiertas por edificios monumentales.

Durante este periodo, se erigió el Templo de los Mascarones, decorado con ocho figuras moldeadas en estuco con policromía, en colores rojo y negro, sobre armazones de mampostería, de los que sólo se conservan cinco.

Su iconografía representa personajes reales, ataviados con atributos relacionados con el sol.

Durante el Clásico tardío (600-900 d.C.), Kohunlich alcanzó su máximo poblacional, periodo en el que se construyeron  la mayor parte de las estructuras que hoy pueden apreciarse, como la Plaza de las Estelas y el Conjunto de las Vías (complejos cívico- ceremoniales), el Conjunto Noroeste, las estructuras tardías del Conjunto Pixa’an y el Conjunto de Los 27 Escalones (ambos, complejos residenciales de elite).

El crecimiento del asentamiento continuó hasta el Postclásico temprano (1000-1200 d.C.), época en la que los mayas depositaron ofrendas de incensarios en los templos y acondicionaron cuartos y plataformas alrededor de los edificios principales o en los conjuntos habitacionales.